根據(jù)花芽分化的指標(biāo)，可分為生理分化期、形態(tài)分化期和性細(xì)胞形成期。不同樹種其花芽分化過程及形態(tài)指標(biāo)各異。
（1）生理分化期
是指芽的生長點(diǎn)內(nèi)轉(zhuǎn)向分化花芽發(fā)生生理代謝變化的時(shí)期。據(jù)果樹研究，生理分化期約在形態(tài)分化期前l(fā)～7周(一般是4周左右或更長)。生理分化期是控制分化的關(guān)鍵時(shí)期，因此也稱“花芽分化臨界期”。
（2）形態(tài)分化期
是指花或花序的各個(gè)花器原始體的發(fā)育過程。一般又可分為以下5個(gè)時(shí)期：

分化初期：因樹種稍有不同。一般于芽內(nèi)突起的生長點(diǎn)逐漸肥厚，頂端高起呈半球體狀，四周下陷，從而與葉芽生長點(diǎn)相區(qū)別；從組織形態(tài)上改變了發(fā)育方向，即為花芽分化的標(biāo)志。此期如果內(nèi)外條件不具備，也可能退回去。萼片原基形成期：下陷四周產(chǎn)生突起體，即為萼片原始體，達(dá)此階段才可肯定為花芽。花瓣原基形成期：于萼片原基內(nèi)的基部發(fā)生突起體，即花瓣原
始體。
雄蕊原基形成期：花瓣原始體內(nèi)方基部發(fā)生的突起，即雄蕊原始體。雌蕊原基形成期：在花原始體中心底部發(fā)生的突起，即為雌蕊原始體。上述后兩個(gè)形成期，有些樹種延續(xù)時(shí)間較長，一般在第二年春季開花前完成：關(guān)于花芽分化指標(biāo)還因樹種是混合芽，還是純花芽；是否是花序；是單室還是多室等而略有差別。
（3）性細(xì)胞形成期
于當(dāng)年內(nèi)，進(jìn)行一次或多次分化并開花的樹木，其花芽性細(xì)胞都在年內(nèi)較高溫度下形成。而于夏秋分化，次春開花的樹木，其花芽經(jīng)形態(tài)分化后要經(jīng)過冬春一定低溫(溫帶樹木0～10℃；暖帶樹木5～15℃)累積條件下，形成花器和進(jìn)一步分化完善與生長。再在第二年春季萌芽后至開花前在較高溫度下才能完成。如：蘋果在花序分離時(shí)，其花粉母細(xì)胞和雌蕊胚囊才形成。
因此早春樹體營養(yǎng)狀況對(duì)比類的花芽分化很重要。如果條件差，對(duì)分化尚未完全的花芽，有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)分化停止或倒退現(xiàn)象。有人把需經(jīng)一定低溫來進(jìn)一步分化完善花器這一過程，稱為“花芽的發(fā)育”。