1、原料不同轉基因菜籽油是用轉基因的油菜籽榨取的，多為國外進口，轉基因的油菜籽不是純天然的，是人工改變基因培育的品種。非轉基因菜籽是我國原先有的一些菜籽品種，其原料是天然的農作物。

2、出油率不同轉基因菜籽油是從轉基因菜籽中提煉出來的油，與非轉基因菜籽相比，轉基因菜籽出油率高。非轉基因菜籽這種菜籽產量要低一些，出油率低些。

3、健康影響不同轉基因菜籽油由于有化學成分在里面，再加上多數通過浸出方式榨出來的油對人體有害。非轉基因菜籽油對人體無害。